Seni bina masjid di Indonesia merujuk kepada tradisi seni bina masjid yang dibina di kepulauan Indonesia. Bentuk awal masjid, sebagai contoh, kebanyakannya dibina dalam gaya seni bina vernakular Indonesia bercampur dengan Hindu, Buddha atau elemen seni bina Cina, dan terutamanya tidak melengkapkan bentuk ortodoks elemen seni bina Islam seperti kubah dan masjid. Gaya seni bina vernakular berbeza-beza bergantung pada pulau dan wilayah.Sejak abad ke-19, masjid-masjid mula menggabungkan lebih banyak gaya ortodoks yang diimport semasa era jajahan Belanda. Gaya seni bina pada era ini dicirikan oleh Indo-Islam atau elemen seni bina Moorish Revival, dengan kubah berbentuk bawang dan bilik kebal melengkung. Menara tidak diperkenalkan sepenuhnya sehingga abad ke-19, dan pengenalannya disertai dengan pengimportan gaya seni bina Parsi dan Uthmaniyyah dengan penggunaan Islam yang menonjol seni khat dan corak geometri. Pada masa ini, banyak masjid lama yang dibina dalam gaya tradisional telah diubah suai, dan kubah kecil ditambah pada bumbung berpinggul persegi.